La fortificazione sorge sulla sommità meridionale della penisola di capo Milazzo e sovrasta il Borgo antico di Milazzo. L'insieme dei manufatti e dei sistemi difensivi costituiscono propriamente la "Cittadella Fortificata", altrimenti nota come Città Murata, i cui principali nuclei abitativi che la compongono sono posti a ridosso delle scoscese pareti nord-occidentali del rilievo.

I manufatti in ordine cronologico seguono uno sviluppo piramidale e concentrico verso il basso, al vertice è posta la parte più antica e via via verso il basso e digradanti verso l'esterno a levante, le varie sovrapposizioni identificabili negli stili delle architetture tipiche delle varie dominazioni. La necropoli e le aree che costituiscono l'agglomerato o i castrum sono ubicati nelle zone pianeggianti della Cittadella:

• 4000 circa - VIII secolo a.C., Nucleo preistorico costituito da insediamento del Neolitico e Necropoli;
• VIII – VII secolo a.C., Insediamento greco formato da agglomerato abitativo riconducibile alla dominazione greca;
• VII a.C. – V secolo d. C., Insediamento romano o Castrum sorto durante il periodo della lunga dominazione romana;
• V – IX secolo, Insediamento bizantino o Castrum mutuato dalla dominazione bizantina;
• 829 - 1062, Primitiva fortificazione araba costituita da Mastio o Maschio o Dongione, dalle caratteristiche riconducibili agli stili tipici dell'architettura della dominazione araba;
• XI - XII secolo, costruzione del dongione normanno con il Salone del Parlamento dalle tipiche peculiarità dell'architettura della dominazione normanna;
• XIII secolo, Portale svevo dalle connotazioni tipiche dell'architettura della dominazione sveva;
• 1266 - 1282, Parentesi angioina, Vespri siciliani e tentativo di riconquista del Castello;
• XIV secolo, Cinta muraria aragonese, baluardi protettivi ascrivibili all'architettura della dominazione aragonese;
• 1527, Primitiva chiesa di Santa Maria, la parziale demolizione dell'edificio nel 1568 comporta la costruzione della Cinta muraria spagnola da cui derivano le denominazioni di alcuni manufatti;
• 1529 - 1575, Cinta muraria spagnola e sistema difensivo tipico dell'architettura della dominazione spagnola;
• XVI secolo, Borgo Antico di Milazzo derivato dall'ingrandimento della primitiva Città Murata.
• 1608, Duomo Antico di Milazzo;
• 1713, Piazzaforte austriaca e quartiere generale austro-piemontese durante le battaglie contro gli spagnoli del 1718;
• 1805 - 1815, Piazzaforte inglese e quartiere generale durante le battaglie per contrastare le campagne di Napoleone;
• 1860, Ultimo baluardo borbonico;
• 1880, Carcere giudiziario;
• XX secolo, Declino e rinascita. Con la dismissione del carcere l'intera area dichiarata Monumento nazionale è oggetto di lunghe campagne di restauro.